保亭干细胞库，作为中国海南省保亭黎族苗族自治县的一项重要生物资源储存设施，其合法性、合规性和国家认可性主要体现在以下几个方面：

1. 国家政策支持：我国政府对干细胞研究有着明确的政策导向。2003年，国务院科技部发布了《关于加强生物医学研究伦理审查的指导意见》，强调了生物医学研究，包括干细胞研究，必须遵循伦理原则。

2. 国家平台：保亭干细胞库如果被纳入国家的干细胞资源库网络，如中国国家人类基因资源库等，那么它就具备了国家认可的资格。这类平台通常由国家卫生健康委员会或科技部直接管理，确保其科研活动的合法性和规范性。

3. 许可证与资质：在运营过程中，保亭干细胞库需要获得相关部门颁发的相关许可证，这是合法运营的基础。

4. 伦理审查：任何涉及人类生物样本的操作，都必须经过严格的伦理审查。保亭干细胞库在采集、存储和使用干细胞时，必须遵守国家卫生健康委员会发布的相关伦理准则。

5. 质量控制与监管：保亭干细胞库必须通过国家卫生健康委员会或者省级卫生行政部门的质量管理体系认证，确保其在技术、设备、人员等方面达到国际国内的高标准。

6. 科研合作与交流：保亭干细胞库若能与国内外的研究机构进行合作，参与国际标准的制定和研究，进一步提升了其在国际上的认可度。

保亭干细胞库作为正规的国家机构，其合法性、合规性体现在政策支持、资质许可、伦理审查、质量控制以及科研合作等多个层面。