选择进行干细胞治疗亚急性甲状腺炎的医院时，应综合考虑医院的专业水平、医生的经验、设备设施、患者评价以及治疗方案的个性化等因素。在中国，有多家的医疗机构在干细胞治疗领域具有较高声誉，例如北京协和医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院、中山大学附属第一医院等。这些医院通常拥有的医疗团队，丰富的临床经验和先进的治疗技术。

在选择医院时，建议参考以下几个方面：

1. 专业科室与专家：了解医院是否设有专门的内分泌科或免疫学研究部门，并关注该领域的资深专家。

2. 治疗技术和设备：了解医院是否采用最新的干细胞分离、培养、输注技术，以及是否有先进的设备支持治疗过程。

3. 患者评价：参考其他患者的治疗经历和评价，可以通过医院官方网站、社交媒体平台或健康论坛获取信息。

4. 治疗方案：与医生详细沟通，了解治疗的具体方案、预期效果、可能的风险及后续管理，确保治疗计划符合个人情况。

5. 医保政策：了解医院是否接受医保报销，以及哪些治疗项目可以报销。

6. 交通便利性：考虑到就医的便利性和舒适度，选择地理位置对患者来说较为方便的医院。

7. 咨询服务：通过电话咨询或在线预约等方式，提前了解医院的服务流程、预约方式和费用等信息。

在做出决定之前，进行充分的调研和咨询，必要时可寻求多位专家的意见，以做出最适合自己的选择。同时，根据国家相关法规，任何医疗决策都应在合法合规的医疗机构和医生指导下进行。